Apa Lili telah menguasai berbagai disiplin Ilmu Agama seperti : Tafsir, Hadits, Mustholah Hadits, Tauhid, Fiqih, Ushul Fiqih, Faraidh, Akhlaq, Nahwu-shorof, Balaghoh, Manthiq, ‘Arudh, Falak dan Tasawuf dengan selama sebelas tahun dari pamannya. :.
Tak cuma berhenti di situ segala jenis kitab kuning (kitab turats) habis dilahap Apa Lili dan ia belajar kitab Shahih Bukhari dan Shahih Muslim dari Habib Syekh bin Salim Al-Athos, terutama ba'da shalat ashar, khususnya lagi di bulan Ramadhan.
Baca Juga: Prof. KH. Ali Yafie, Sosok Ulama Tradisionalis yang Inklusif-Modern
Dengan demikian Apa Lili bisa dikatakan khatam menimba ilmu keislaman tetapi ia tetap dahaga akan ilmu pengetahuan walaupun ia telah memiliki istri masih tetap menimba Ilmu Hikmah pada Tahun 1962 - 1965, dari dua orang guru, yakni Kiai Haji Opo Mustopa atau yang akrab disapa Mama Kandangsapi - Cianjur dan KH Tubagus Muhammad Falak bin KH Tubagus Abbas (Mama Falak Pagentongan - Bogor).
Saat usia dua puluh tahun tepatnya pada tahun 1933, KH.Muhammad Kholilullah menikah dengan Hj.Nurkholillah binti H.Hanafi yang disapa Mak Deudeuh dikarunia anak sebagai berikut :
1. Oop Burhanuddin : wafat usia 4 Tahun
2. Nasibul Aufar : wafat usia 5 Tahun
3. KH.Badrun Munir : 1943 – 2006 (wafat usia 63 Tahun)
KH. Badrun Munir dengan istrinya Hj. Yoyoh mempunyai empat anak, yaitu: Drs. Jawad Jawandi S.Pd. I, Ela Afifah S.Ag, Tuti Alawiyah S.Ag, dan Hj.Asma Muslimah S.Ag
4. KH. Muhammad Djihad Kholilullah : 1944 – 2014 (wafat usia 69 Tahun) KH.Muhammad Djihad Kholilullah dengan istrinya Hj.Nani Haryati dan Ia mempunyai empat anak, yaitu: Rina Agustina SE, Fatimah Zahra S.Ag, Hj. Siti Aisyah, dan Farida Agustiah SHi
5. Kyai Muhammad Saefullah : 1947 – 1985 (wafat usia 35 Tahun)
Kyai Muhammad Saefullah dengan istrinya Titin Hartini mempunyai lima anak, yaitu : Hj.Siti Maryam, Siti Romlah, (Alm).Muhammad Dahlan, Ai Rahmawati S.Sos, Halimatus sa’diyah.
Sebagai seorang Ulama dan Muballigh Muda berusia 32 tahun, Keimanan Apa Lili sangat kuat dan ilmu agamanya mumpuni disamping ia juga mahir ilmu pencak silat seperti Cimande, Gunung Batu dan Cikalong, oleh karenanya saat terjadi Perang Kemerdekaan tahun 1945 ia turut serta berjuang bersama pasukan Hizbullah dalam Perang Bojong Kokosan pada tanggal 2 dan 9 Desember 1945.
Firman Allah SWT : “Orang-orang yang beriman kepada Allah dan hari kemudian, tidak akan meminta izin kepadamu untuk tidak ikut berjihad dengan harta dan diri mereka, dan Allah mengetahui orang-orang yang bertaqwa”. (Qs. al-Taubah (9) : ayat 44).
Kata “yujaahiduu” dalam ayat ini menandakan jama’ (karena kata jihad dalam ayat ini tertuju kepada orang-orang yang beriman kepada Allah dan hari akhir).
Makna berjihad dalam ayat ini menurut Ibn Kathīr di dalam tafsirnya adalah berperang. Menurutnya, orang-orang yang beriman kepada Allah dan Rasul-Nya tidak akan meminta izin untuk tidak ikut berperang, karena mereka memandang bahwa hal tersebut merupakan sarana untuk mendekatkan diri kepada Allah.
Maka ketika ada seruan untuk berperang, mereka pasti akan langsung melaksanakannya. (Ibn Kathīr, Tafsīr al-Qur’ān al-‘Aẓīm, Jilid II, 343)
Jihad dibagi kedalam dua kategori: pertama adalah jihad fī sabīlillah. Kedua adalah jihad fillah. Jihad yang pertama dimaksudkan sebagai usaha sungguhsungguh dalam menempuh jalan Allah SWT, termasuk di dalamnya berkorban harta dan nyawa.