Penyebab kemunduran dunia Islam menurut Bung Karno bukan karena Islamnya tapi karena Islam disalahpahami.
"Islam tidak menghalangi kemajuan, Islam hanyalah salah ditafsirkan, salah diinterpretasikan,"
Kemudian artikel dan pidato alm Cak Nur (Nurcholish Madjid) tahun 1970 "Keharusan Pembaruan Pemikiran Islam dan Masalah Integrasi Umat" yang mengagas kebebasan berpikir dan sekularisasi yang memantik perdebatan.
"Dengan sekularisasi tidaklah dimaksudkan penerapan sekularisme, sebab, secularism is the name of an ideology, a new closed world view which functions very much like a new religion.
Dalam hal ini yang dimaksudkan ialah setiap bentuk liberating development. Proses pembebasan ini terutama diperlukan karena umat Islam, akibat daripada perjalanan sejarahnya sendiri, tidak sanggup lagi membedakan di antara nilai-nilai yang disangkanya Islamis itu mana yang transendental dan mana yang temporal."
Sayangnya istilah 'sekularisasi' yang dipakai Cak Nur disalahpahami dgn dituduh Cak Nur mau men-sekuler-kan agama Islam. Karena istilah sekuler dianggap negatif.
Ini juga nasib yang sama dgn istilah 'liberal' yang dianggap negatif. Sehingga wacana 'sekularisasi' ala Cak Nur dan 'liberal' ala Mas Ulil lebih banyak disalahpahami daripada dimengerti, sehingga muncul kontroversi.
Soal pentingnya kebebasan berpikir, Cak Nur menulis:
"Dalam hal inilah kita melihat kelemahan utama umat Islam. Kesemuanya itu sekali lagi akibat dari pada tiadanya kebebasan berfikir, kacaunya hirarki antara nilai-nilai mana yang ukhrawi dan mana yang duniawi, sistem berfikir yang masih terlalu tebal diliputi oleh tabu dan apriori dan sebagainya."
Karena tulisan itu, Mas Ulil pernah difatwa mati. Kerasnya kritik Mas Ulil tidak bisa dipisahkan dari konteks kekerasan atas nama Islam yang sedang memuncak saat itu. Bom 11 September 2001 di AS. Bom Bali pertama 12 Oktober 2002.
Waktu itu, Jaringan Islam Liberal terhitung sendirian berperang melawan radikalisme dan terorisme atas nama Islam. Ormas-ormas Islam yang lain, serta tokoh-tokoh Islam lainnya kecuali Gus Dur masih sibuk menafikan kaitan antara aksi terorisme dengan wacana keislaman.
Bagi saya, kontribusi besar Jaringan Islam Liberal terhadap perang wacana anti radikalisme dan terorisme keagamaan tidak bisa dihapuskan.
Selain direspon kelompok intoleran dan garis keras (Mas Ulil sampai dikirim bom buku!) wacana Islam Liberal memantik kreativifas dari kalangan pembaru lainnya, muncul wacana Islam Emansipatoris, Post-Tradsionalisme Islam, Islam Pembebasan, Islam Sosialis, Islam Moderat, Islam Rasional dll yang artinya membaca pemikiran Islam dgn perspektif.
Karena atribut yang diletakkan setelah Islam itu sebenarnya adalah perspektif, seperti halnya dulu membaca Islam dari perspektif ilmu fiqih, ilmu kalam, tasawuf dll demikian pula belakangan muncul istilah Islam Nusantara ala KH Said Aqil Sirodj dan Islam Wasathiyah ala MUI merupakan pembacaan terhadap ajaran Islam dengan perspektif.
Kekaguman saya pada Mas Ulil, kagum pada pemikiran dan keberaniannya, saat saya menjadi Wakil Ketua Tanfidziyah PCI NU Mesir tahun 2003, waktu itu kami menyelenggarakan Silaturahim Kader NU Luar Negeri, kami mengundang tokoh-tokoh dari PBNU di Indonesia, saya mengajukan nama Mas Ulil dan Mbak Musdah Mulia sebagai pembicara. Selain itu KH Said Aqil Sirodj dan alm KH Hasyim Muzadi Ketua Umum Tanfidziyah PBNU.