Tahun 2001, pemerintah Gus Dur yang baru saja terpilih sebagai presiden melalui pemungutan suara di DPR hasil pemilu 1999 mengalami goncangan. Aroma kali ini lebih tercium ke arah politis (bukan kehendak rakyat). Gus Dur dijatuhkan melalui mekanisme impechment melalui kasus Bulog gate dan Brunei gate dan digantikan oleh wapresnya ketika itu Megawati. Paska penjatuhan Gus Dur, dinamika politik relatif stabil.
Pemilu langsung tahun 2004, 2009, 2014 dan 2019 relatif tidak memunculkan gejolak politik. Hingga pemilu 2024, rezim Jokowi mendapat sorotan tajam dari civil society atas penyelenggaraan pemilu yang dianggap tidak netral dan tidak demokratis. Selain itu, di internal istana sendiri (diam-diam) terjadi pergolakan perpecahan akibat polarisasi pilpres. Jokowi dan beberapa menteri jelas dan terang-terangan memihak salah satu paslon.