Ampunan Raja kemudian turun selepas Tumenggung Wiraguna memaafkan perbuatan bejat anak Rajanya, maka mulai setelah itu, Sultan Agung tidak lagi menaruh bangga terhadap putranya itu.
Raden Mas Syayidin seperti merasa dikucilkan oleh ayahnya sendiri. Sikap inilah yang kelak melatar belakangi dendam Amangkurat I terhadap Tumenggung Wiraguna.
Berlalunya waktu, ketika Sultan Agung Mangkat, dan ketika Putra Mahkota Mataram berhasil disingkirkan dari tahta untuk kemudian digantikan oleh Raden Mas Syayidin, ajal Tumenggung Wiraguna rupanya kian mendekat. Sebab pada masa Amangkurat I menjadi Raja Mataram, ia hendak melampisakan dendamnya pada Tumenggung Wiraguna.
Tumenggung Wiraguna selama menjadi Pejabat di Mataram, sulit sekali dicari-cari kesalahannya, ia tidak pernah memberontak, tidak pernah melakukan penggelapan keuangan, ia juga dikenal sebagai pejabat yang jujur, sehingga Sulit sekali bagi Amangkurat I untuk melampiaskan dendamnya pada Tumenggung Wiraguna.
Meskipun dikenal jujur dan setia terhadap Negara, tapi rupanya semua prestasi dan kebaikan Tumenggung Wiraguna itu tidak sedikitpun memupuskan dendam Amangkurat I, ia ingin sekali sesegera mungkin menghabisi sang Tumenggung.
Akhirnya, direncanakanlah taktik pembunuhan oleh Amangkurat I, mula-mula atas prestasi gemilang dari sang Tumenggung, Amangkurat I menghadiahkan kenaikan pangkat pada Sang Tumenggung, ia dijadikan sebagai pimpinan pasukan tempur untuk melakukan serbuan terhadap orang-orang Bali yang kala itu bercokol di Blambangan.
Akan tetapi, ketika pasukan Mataram yang dipimpin Tumenggung Wiraguna itu sampai pada tempat yang jauh dari Mataram, Temunggung Wiraguna justru dibunuh ditengah perjalanan, ia dibunuh dengan keji oleh utusan Amangkurat I yang memang sudah dipersiapakan.
Selain dibunuh dengan keji, Tumenggung Wiraguna juga difitnah melakukan makar dan penghianatan terhadap kerajaan, maka atas tuduhan palsu itu, Amangkurat I kemudian mempunyai alasan untuk menumpas seluruh anggota keluarga Tumenggung Wiraguna. Seluruh keluarganya kemudian dibantai tanpa peri kemanusiaan.