Di MUI, beliau juga memperoleh amanah tertinggi sebagai Ketua Umum MUI, 1998 - 2000. Di Munas 2000, beliau tidak berkenan untuk diperpanjang.
Akhirnya Munas menetapkan KH. Ahmad Sahal Mahfudh menjadi Ketua Umum pengganti beliau.
Di zaman beliau memimpin MUI, inisiasi berdirinya Dewan Syariah Nasional (DSN MUI) dimulai.