Karakter spasial masjid terbentuk dari aktivitas di dalamnya, menciptakan cluster antar ruang utama, sirkulasi linier fleksibel, dan orientasi ruang ke arah kiblat.
Secara struktural, keunikan masjid terlihat pada hierarki atap tajug dan perpaduan antara kolom saka guru dengan kolom berornamen Hindia Belanda.
Upaya pelestarian masjid difokuskan pada elemen dengan potensi tinggi, seperti pintu, atap, dan struktur tajug serta kolom saka guru.
Sementara elemen dengan potensi sedang, seperti atap dan pintu masjid perluasan, kolom di serambi, serta organisasi ruang, dipertahankan melalui konservasi.
Masjid Sunan Ampel tidak hanya menjadi pusat ibadah, tetapi juga warisan sejarah dan arsitektur yang penting bagi Surabaya dan Indonesia.